九十一年內曾發生轟動一時的中科院前會計及主計人員因該機構給付員工加給及津貼等支出，而未於給付時辦理扣繳，致被北區國稅局要求補繳應扣未扣稅款及處以罰款共約二十七億元，並遭查封財產及限制出境，引發民代指責「抄家滅門」的事件，事後雖經財政部訴願委員會撤銷，但身為機關或企業負責人及會計人員等扣繳義務人，對扣繳事務仍不得不慎。
時值每年元月，依所得稅法第八十八條第三項規定：「公務機關、團體、學校、事業或執行業務者，每年所給付屬應扣繳稅款之所得及其他所得，因未達起扣點，或因不屬規定之扣繳範圍而未經扣繳稅款者，應於每年一月底前，依規定格式，列單申報主管稽徵關。」否則將會被依所得稅法第一百一十四條規定處罰。以下概就有關扣繳實務，在此做個簡介，尚析學長不吝指正。
貳、何謂扣繳、扣繳義務人、納稅義務人
1. 扣繳之意義：扣繳係指扣繳義務人在給付應稅所得時，按一定扣繳率預先扣下，並於規定時間內將所扣稅款向國庫繳交，另依規定時間內填寫扣繳暨免扣繳憑單（以下簡單扣（免）繳憑單），向稽徵機關申報並將上述扣繳（免）繳憑單交由納稅義務人辦理結算申報。（惟自九十年度起所得稅申報免附各類所得扣免繳憑單。股利憑單及緩課股票轉讓所得申報憑單，但應行檢附之其他證明文件、據，仍應依規定檢具。）
2.扣繳義務人及納稅義務所表
| 扣繳義務人 | 所得種類 | 納稅義務人 | |
|---|---|---|---|
| 1. 公司、合作社、合夥組織或獨資組織負責人 | 分配給非境內居住個人及固定營業場所之營利事業之公司股利淨額：合作社、合夥、獨資之盈餘淨額 | 取得前項股利之非居位個人股東無固定營業場所之營利事業股東、非居位之社員、合夥人或獨資資本主。 | |
| 2. 機關、團體之責應扣繳單位主管（註1）事業負責人及執行業務者 | 薪資、利息、租金、佣金、福利金、執行業務報酬、競技、競賽或機會中獎獎金或給與，及給付在境內無固定營業場所或營業代理人之國外營利業之所得。 | 取得前項所得之所得者。 | |
| 3. 營業代理人或給付人 | 1. 依所得稅法第25條規定之營利事業按第98條之1規定扣繳之營利事業所得。 2. 依第26條規定之國外影片事業，其在境內之營利事業所得額。 | 1.總機構在境外之營利事業。 2. 國外影片事業。 | |
| 4.信託行為之受託人 | 信託財產之各類所得額 | 信託財產之受益人 |
（註1.）與機關團體，包括法人及非法人團體在內：稱責應扣繳單位主管，由各機關首長或團體負責人自行指定，機關團體已在各類所得扣繳稅額線款者，各類所得資料申報書、或各類所得扣繳免扣繳單之扣線義務人欄明扣繳義款人者，視為該機關團體指定之扣繳義務人，未經指定者以機關首長或團體負責人為扣繳義務人。
參、 應扣繳之所得類別及其扣繳率
扣繳率標準主要係按納稅義務是否為中華民國境內居位之個人（指在一個課稅年度內（每年一月一日至十二月三十一日），如在我國居留合計滿一百八十三天以上者，屬中華民國境內居住之個人，否則即為不是），或在中華民國境內有無固定營業場所之營利事業來區分：
| 所 得 種 類 | 扣繳率 | |
|---|---|---|
| 中華民國境內居住個人及在中華民國境內無固定營業場所之營利事業。 | 非中華民國境內居住之個人及在中華民國境內有固定營業場所之營利事業 | |
| 股利或盈餘 | 不必扣繳 | 20％、30％或25％ |
| 薪資 | (一) 固定薪資：下列擇一適用 1. 10％(全月給付總額) 2. 按薪資所得扣繳辦法扣繳 (二) 非固定薪資：6％ | 20％ |
| 佣金 | 10％ | 20％ |
| 利息 | (一) 10％ (二) 短期票券利息20％ (三) 受益證券利息6％ | (一) 20％ (二) 受益證券利息6％ |
| 租金 | 10％ | 20％ |
| 權利金 | 15％ | 20％ |
| 競技競賽機會中獎獎金或給與 | (一) 15％ (二) 政府舉辦之獎券中獎獎金20％ (但每聯獎額二千元以下免扣) | 20％，但政府舉辦之獎券中獎獎金每聯獎額在二千元以下免扣 |
| 執行業務報酬 | 10％ | 20％(註2) |
| 退職所得 | 6％：給付減除定額免稅後之餘額 | 20％給付額減除定額免稅後之餘額 |
| 財產交易所得 | 申報納稅 | 個人：35％，營利事業：25％，申報納稅 |
| 自力耕作、漁、牧、林礦所得 | 申報納稅 | 個人：35％申報納稅 |
| 其他所得（註3） | 申報納稅 | 個人：20％申報納稅；營利事業：20％ |
| 國際運輸及承包工程等事業依法按扣線方式納稅者 | 25％ | 25％ |
| 國外影片事業依法按扣線方式納稅 | 20％ | |
| 國際金融業務分行對境內個人、法人或政府機關之放款利息 | 15％ | |
| 信託受益人享有信託利益之權利價值或價值增加部分 | 受益人不特定或尚未存在：20％申報納稅 | (一) 營利事業：20% (二) 個人：20％申報納稅 (三) 受益人不特定或尚未存在：30％申報納稅 |
| 信託財產產生之所得 | 受益人不特定或尚未存在：20％申報納稅 | 受益人不特定或尚未存在：20％申報納稅 |
（註2）但個人稿費、版稅、樂譜、作曲、編劇、漫畫、講演之鐘點費之收入：每次給付不超新臺幣五千元者，得免了扣繳。
（註3）給付受銷遠洋漁業於每次出海後一次分配的報酬，於給付時以所得的半數扣繳，扣繳憑單上給付總額亦以該半數填列。